在人类，迄今发现五种拓扑异构酶异构体，名称为I型、IIa、IIIa、IIβ与IIIβ。TopoI，IIIa与IIIβ属于分类I酶。TopoI仅为分类IB酶中已知的一个例子同时TopoIIa与IIβ异构体为分类II酶。一般在学术上，分类I酶与转录和基因组稳定性有关，同时分类II酶与DNA的复制至关重要。DNA TopoIIIa，为分类I酶，其作用仅裂解DNA的一条链。TopoIIIa依赖镁激活其活性并且形成共价酶桥维护5ˊ-端DNA裂解和3ˊ-端非共价形成允许完整的DNA通过打断的DNA链。