ERα和ERβ是定位于不同的染色体上的基因翻译的蛋白质。尽管两个异构体有很高的氨基酸同源性，但保守的结构域显示了各自独特的功能。A/B区，D结构域和F结构域基因序列显著不同。ERα是被深入研究的雌激素受体，最早从人的乳腺癌细胞株克隆出来。ERβ则是最近从 齿类动物组织中鉴别出的，现在在人类中也有发现。文献报道ERβ表达为多种异构体。与ERα不同，ERβ广泛地表达在成人卵巢，输卵管，肺，肾脏，脑，心脏，前列腺和睾丸组织中。