隐孢子虫（Cryptosporidium）种属以微小隐孢子虫（Cryptosporidium，parvum）为主，是原生动物的致病菌，特别是绵羊和羊羔。人群中，隐孢子虫传播通过污染水质、牛奶或偶发其它动物制品。人与人之间的传播是由急性水源性自限性腹泻患者引发的，尤其是儿童。在严重免疫抑制人群中，尤其是那些HIV/AIDS病人，患者变成慢性感染或者持久性带菌者。据估计1-10个卵囊构成一个感染剂量。