CDX2是一种尾部型同源异形盒基因，肠特异性转录因子，表达在肠发育早期和涉及作用在肠上皮细胞的增生与分化调节中。CDX2和CDX1，目前仅特别关注在肠道器官中可以检测到两个同源异形基因的水平。这种限制性表达类型对同源异形盒基因是不寻常的。CDX2磷酸化活性作用区可以调节CDX2的功能和调节在肠上皮中不同空间表达类型。CDX2最初表达在肠上皮的绒毛和隐窝中。与CDX1对比，文献报道CDX2在所有发育中肠上皮的末梢部分强表达。有文献报道CDX2缺失会向着散发性结直肠癌方向发展。另一报道CDX2与胃癌的致癌作用有关，CDX2 mRNA的表达会促使分化好的胃癌细胞系向着低分化细胞系发展。