凋亡是大量应答反应中的一种作为一种结果发生在细胞旁路的信号转换中。有一个已证实了的机理Caspase初始活化作用需要线粒体的参与，并涉及一种130kD的蛋白，这种蛋白被称为凋亡蛋白酶活化因子（Apaf-1）。Apaf-1是一种胞液蛋白保留在潜伏期直到与细胞色素C（Apaf-2）结合。在诱导凋亡期间细胞色素C通常由线粒体释放，其中有许多因素可以诱导细胞凋亡，这并不是所有细胞死亡的刺激因素。其结果是由Apaf 1/细胞色素C复合物与存在于dATP中的酶原形式或者ATP中的Caspase-9(Apaf-3)启动了Caspase-9自身催化的活化作用。一旦Caspase-9被活化继而直接引发Caspase-3的裂解与活化，结果引发一系列级联形式下其它Caspase的活化与凋亡。